Les chiffres donnés ont pour date de référence statistique le 1er janvier 2010. Le département du Doubs reste le plus peuplé de la région avec 527 770 habitants, juste devant le Jura et ses 261 534 habitants.
Viennent ensuite la Haute-Saône, avec 239 548 habitants et le Territoire de Belfort et ses 142 911 habitants. La plus petite commune de Franche-Comté se trouve dans le Doubs : elle se nomme Urtière et recense 8 habitants.