Les commerçants, artisans, professions libérales, etc. dont l'activité est située directement sur le tracé de la ligne de tramway peuvent prétendre, sur justificatif, à des indemnisations suite à une baisse de leur activité. Son règlement (voir ici) a fait couler beaucoup d'encre. Il semblerait que plusieurs dossiers de demandes d'indemnisation aient fait l'objet de débats intenses. Dans sa lettre Daniel Tricot, arbitre et médiateur en affaires à Paris, explique que sa démission "s'impose pour empêcher la Commission des'affranchir du règlement public d'indemnisation. (...) Un tel risque ouvrirait la porte au favoritisme et à la corruption."
En plus des deux coprésidents, le CIAT est composé de membres désignés par le MEDEF, la CGPME, la CCI, la Chambre des Métiers, l’Union Professionnelle des Artisans du Doubs et l'Ordre des Experts Comptables. Aucun élu du Grand Besançon ne fait partie de cette
Suite à ces deux démissions, Jean-Louis Fousseret, le président du Grand Besançon a demandé aux membres de la CIAT de se réunir le plus rapidement possible "pour trouver une issue à cette situation de blocage afin d’instruire de nouveau, et sans délai, les dossiers d'indemnisations déposés par les commerçants".
