Durant sa jeunesse, l’ailier polyvalent malien a fait ses armes à l’Institut national du football (INF) de Clairfontaine avant d’effectuer un passage par Bastia entre 2014 et 2016.
Il a entamé sa carrière en 2017 à Épinal avant de rejoindre Saint-Priest en National 2 où il est remarqué par l’Olympique Lyonnais avec qui il signe en 2019 son premier contrat professionnel. Mais c’est en ligue 2 avec le Gazélec d’Ajaccio où il est immédiatement prêté qu’il effectuera ses débuts dans le monde pro.
Il part ensuite pour le Servette FC pour disputer une cinquantaine de matchs en première division Suisse avant de s’engager avec le FC Winterthur en janvier 2024 pour deux saisons et demie.
À 27 ans, Boubacar Fofana s’engage finalement avec le FCSM pour deux saisons. La direction du club espère qu’il sera en mesure d’apporter sa "technique et sa qualité de percussion sur le flanc gauche sochalien".
