Pour la rentrée scolaire, le ministère a retenu le protocole sanitaire de « niveau 2 » (sur 4) qui autorise tous les élèves à être accueillis en présentiel et leur impose le port du masque en intérieur, sauf en maternelle.
Cette obligation en primaire peut être levée depuis le 4 octobre dans les écoles des départements les moins touchés (taux d’incidence stabilisé au-dessous de 50 cas pour 100.000 habitants).
Un cas de Covid dans une classe en primaire entraîne une fermeture, comme en juin.
En cas de contamination au collège ou au lycée, seuls les élèves cas contacts non vaccinés doivent s’isoler une semaine.
Selon les derniers chiffres de l'académie de Besançon arrêtés en date du 14 octobre 2021, aucune structure scolaire n’est fermée sur les 1.287 établissements (écoles, collèges, lycées) de la région. En revanche, 23 classes sont fermées.
Depuis le 2 septembre, 182 établissements ont proposé un parcours vaccinal aux élèves sur 210 collèges, lycées et EREA (établissement régional d’enseignement adapté) aux élèves de 12 ans et plus.
