Né le 10 mars 1995 au Mans, Jonathan Mexique a réalisé sa formation au Mans FC, où il a découvert également les sélections en équipe de France jeunes U16 et U17. À 17 ans, il rejoint l’AS Monaco où il évolue principalement avec la réserve en National 2, tout en intégrant ponctuellement le groupe professionnel, notamment pour des matchs en Ligue 1 et en Europa League contre Tottenham.
Après un passage au Red Star FC en 2016, Jonathan Mexique prend ensuite la direction du Cercle de Bruges (Belgique) puis rejoint le Tours FC (Ligue 2) lors du mercato d’hiver. En 2018/1019, Pour la saison 2018/2019, il est prêté au SO Cholet (National), où il y réalise une saison pleine (31 matches, 6 buts), avant de s’engager pour deux saisons supplémentaires.
C’est grâce à ses performances solides au sein de La Berrichonne de Châteauroux qu’il a rejoint en 2021 qu’il est convoqué pour la première fois en sélection de la Martinique. Il effectue ses débuts le 5 juin 2022 face au Costa Rica, et marque son premier but en sélection contre le Costa Rica également, un an plus tard.
Après deux saisons au Nîmes Olympique, Jonathan Mexique s’est désormais engagé avec le FC Sochaux où il portera désormais le numéro 15. Le club espère que le milieu de terrain "apportera son expérience, sa technique et sa vision de jeu au cœur du milieu sochalien".
