D'après les derniers résultats du recensement de population, la Franche-Comté comptait 1 1163 900 habitants au 1er janvier 2008. Depuis 1999, la population franc-comtoise croît de 0,46 % par an en moyenne, soit 5260 habitants. Ce résultat repose sur un solde naturel positif des naissances par rapport au décès et d'un léger excédent migratoire. La Franche-Comté se situe au 12e rang juste derrière l'Alsace, mais devant la Bourgogne et la Lorraine.
Les quatre département bénéficient d'une évolution positive. Toujours de 1999 à 2008, le Doubs gagne 23 523 habitants (4,71%), le Jura 9800 (3,91%), la Haute-Saône 8900 (3,81%) et le Territoire de Belfort 4600 (3,33%).
Au niveau des quatre communautés d'agglomération de la région, celle de Besançon progresse de 3,55% avec 176 764 habitants, celle de Dole de 3,15% avec 52 595, celle de Belfort de 2,57% avec 94 492 et celle de Montbéliard est en baisse de 3,02% avec 117441 habitants. Mais dans son ensemble, le nord Franche-Comté enregistre une progression de 4244 habitants, soit une progression de 1,4%.
Parmi les principales villes de la région, seules trois ont un solde positif entre 1999 et 2008: Pontarlier (1,52%), Dole (1,74%) et Héricourt (4,09%). Toutes les autres sont en baisse, même si ce n'est que très faiblement comme à Belfort qui perd 71 habitants (-0,14%) ou à Besançon qui en perd 134 (-0,11%).
D'autres villes sont plus affectées comme Montbéliard qui perd 1363 habitants (-4,94%), Audincourt qui en perd 1005 (-6,47%). Le record de baisse en pourcentage pour les villes de plus de 10000 habitants est enregistré à Valentigney avec une chute de 7,82%, soit 977 habitants. Egalement en repli, Lons-le-Saunier, Saint-Claude et Vesoul. La capitale haute-saônoise perd 897 habitants (-5,22%).
