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Depuis près d'un an, l’association de protection animale PAZ (Projet Animaux Zoopolis) met en cause la gestion du zoo municipal de la Citadelle de Besançon après l’analyse de documents administratifs transmis par la Ville à la suite de plusieurs démarches juridiques. Selon l’association, ces documents présentent des lacunes, notamment l’absence des causes de décès des animaux figurant dans le registre de mortalité, alors que cette information est exigée par la réglementation. Une mobilisation est prévue le 10 janvier 2026 devant l'Hôtel de ville.

Dans une vidéo postée jeudi 13 mars 2025, l’association de défense des animaux bisontine Humanimo, alerte sur les conséquences néfastes pour les animaux du zoo de la Citadelle d’un concert de musique électro le 15 juin prochain. Une pétition est également lancée. 

La Ville de Besançon a été épinglée par l'Office français de la Biodiversité suite à une série d'anomalies relevées en 2021 relatives au parc zoologique de la Citadelle. Une convention judiciaire d’intérêt public a été signée le 16 mars 2023.

Les parcs à thème pourront rouvrir le 19 mai, mais seulement pour leurs activités de plein air telles que les zoos, tandis qu’il faudra attendre le 9 juin pour les attractions, comme les fêtes foraines, a annoncé Jean-Baptiste Lemoyne, secrétaire d’Etat en charge du Tourisme, sur RMC le 6 mai dernier.

Un bébé Grand Hapalémur a vu le jour le 2 juillet 2019 au jardin zoologique de la Citadelle de Besançon. Depuis 2005, c’est la sixième naissance enregistrée à Besançon, la dernière remontant à 2013. 

Un rhinocéros blanc et trois tigres blancs du Bengale sont nés au début de février au zoo d’Amnéville (Moselle), a annoncé ce mardi 20 février 2018 le parc animalier.