La re?ouverture de cette ligne ferroviaire repre?sente "une re?elle opportunite? pour la Franche- Comte? mais aussi pour la Suisse, car elle permettra de de?velopper le re?seau re?gional et transfrontalier" selon les signataires de la convention.
Le cou?t des travaux sur le sol franc?ais est estime? a? 110 millions d'euros (M€) finance?s notamment par l’E?tat, les collectivite?s locales, Re?seau Ferre? de France (RFF) et l'Union europe?enne. Au regard des avantages du projet pour la Suisse, la Confe?de?ration et le canton du Jura contribuent e?galement au financement.