Le 11 avril 2019, le préfet du Doubs avait refusé l’enregistrement d’un premier projet d’élevage de 33 000 volailles de chairs sur la commune de Flangebouche suite à l'avis du CODERST (Conseil Départemental de l’Environnement et des Risques sanitaires et technologiques) et à la consultation du public. Plusieurs associations et des élus verts de la région s'étaient mobilisés sur place pour protester contre les futures conditions d'élevage des animaux.
Le refus de la préfecture sur les conditions techniques et la nécessaire maîtrise du compostage des effluents d’élevage en l’absence de plan d’épandage, et par le choix d’un mode de production intensif dans la zone AOP Comté (autonomie fourragère, recherche locale de valeur ajoutée et valorisation de l’image d’une agriculture traditionnelle et raisonnée) n'avait pas découragé le futur éleveur.
Une réflexion a été engagée pour dégager les ressources foncières utiles afin d'orienter le projet vers le mode initialement prévu par l’éleveur : un élevage avec parcours en plein air.
Le 2 mai 2019, l'exploitant déposait un nouveau dossier soumis au régime de la simple déclaration, pour un effectif réduit à 29 900 volailles.
À nouveau réuni le 1er juillet 2019, le conseil départemental de l’environnement et des risques sanitaires et technologiques (Coderst) a fixé par arrêté, les prescriptions spéciales imposées pour la mise en œuvre du projet
- Prise en compte d’une pratique d’élevage préservant l’image traditionnelle de l’agriculture en zone AOP Comté, notamment par la mise à disposition d’un parcours extérieur pour les volailles élevées ;
- Meilleure intégration paysagère par la mise en place d’écrans de végétation d’espèces locales autour du bâtiment d’élevage ;
- Mise en place d'une série de mesure visant à une surveillance renforcée du processus de compostage.
