Le 1er mars 2012 , l'évolution du trafic et des conditions d'exploitation avaient nécessité une adaptation des horaires de ces onze TER Franche-Comté.
Les horaires des autres TER circulant sur l'axe Besançon - Belfort sont inchangés.
Travaux entre Besançon et Dijon
En revanche RFF et la SNCF réalisent d'importants travaux entre Dijon et Besançon du 15 au 26 octobre 2012. Ces travaux vont entraîner des modifications du plan de transport . Plus d'information ici