Le coût total de cette opération est de 30 millions d’euros. Une autre gare nouvelle est prévue sur la branche-est qui reliera Dijon à Mulhouse. Il s'agit de celle en construction à Meroux (90) et qui s'apellera Belfort-Montbéliard TGV dont le coût est le même que celle d'Auxon.
Aux 60 millions d’euros consacrés au deux gares nouvelles, la SNCF va rajouter 30 millions pour la rénovation d’une dizaine de gares qui se trouvent sur le parcours. Il y en aura 6 en Franche-Comté, 3 en Bourgogne et 1 en Alsace.
