L’intercommunalité compte 122 conseillers communautaires. La Ville de Besançon y dispose de 55 sièges, tandis que Saint-Vit en compte 2. Les 65 autres communes membres sont chacune représentées par un siège, portant le total à 122 élus.
Après l’appel des conseillers, l’élection du président de la communauté urbaine a été organisée. Trois candidatures étaient en lice : celle de Ludovic Fagaut, également maire de Besançon, celle de Séverine Véziès (LFI), et celle de Jacques Andriansen. L’ancienne maire Anne Vignot n’a pas présenté sa candidature.
À l’issue du scrutin, Ludovic Fagaut a été largement élu président avec 97 voix, soit 90,7 % des suffrages exprimés. Séverine Véziès a recueilli 8 voix (7,5 %) et Jacques Andriansen (maire de Roset-Fluans) 2 voix (1,9 %). Le vote a également comptabilisé 5 bulletins blancs et 9 abstentions.
Cette élection marque la prise de fonction officielle de Ludovic Fagaut à la tête de Grand Besançon Métropole pour ce nouveau mandat communautaire.
Une exécutif composé de 15 vice-président(e)s
Dans la foulée, les conseillers communautaires ont procédé à l’élection des vice-président(e)s. Quinze postes ont été attribués, dessinant l’exécutif de la collectivité :
La première vice-présidente est Catherine Barthelet, maire de Pelousey et conseillère régionale de Bourgogne Franche-Comté, en charge du projet de territoire et des relations avec les élus.

- 2e vice-présidente : Anne Falga (développement économique, emploi, insertion, innovation)
- 3e vice-président : Pascal Routhier (finances)
- 4e vice-président : Patrick Ayache (attractivité, tourisme, enseignement supérieur, recherche)
- 5e vice-président : Patrick Jacques (transports et mobilités)
- 6e vice-présidente : Nathalie Bouvet (développement durable, environnement)
- 7e vice-président : Jean-Paul Michaud (aménagement du territoire, PLUI, SCoT)
- 8e vice-président : Anthony Nappez (bâtiments, équipements, réseaux de chaleur)
- 9e vice-présidente : Laurence Mulot Cesari (urbanisme opérationnel, grands travaux)
- 10e vice-président : Pascal Dériot (habitat, logement)
- 11e vice-président : Philippe Regennass (voirie, infrastructures)
- 12e vice-président : Pierre-Charles Henry (politique de la ville, rénovation urbaine)
- 13e vice-président : Frank Monneur (culture, conservatoire, bibliothèques)
- 14e vice-président : Laurent Jeunet (gestion de l’eau)
- 15e vice-président : Franck Bernard
L'élection du 15e vice-président marquée par de vifs échanges
Les débats se sont particulièrement tendus lors de l’élection du 15e vice-président, aboutissant à la désignation de Franck Bernard, maire "sans étiquette" de Chevroz, militant du Front national puis du Rassemblement national. Plusieurs élus ont pris la parole pour exprimer leurs positions sur cette candidature.
Gérard Monnien, maire de Devecey, candidat face à Franck Bernard, a déclaré : "C’est mon devoir : on a une charte dans notre métropole, je la respecte, mais une charte permet de travailler ensemble, pas de fermer les yeux sur la réalité."
De son côté, Patrick Ayache (PS) a souligné les enjeux politiques du vote : "Le candidat pressenti a fait un choix politique personnel, c’est son droit, il ne s’en cache pas (…) Jusqu’où devons-nous aller dans la normalisation ? Jusqu’à quand allons-nous prétendre que ça ne nous concerne pas ?" Il a également interrogé : "Est-ce cela que nous voulons voir dans nos instances ?".

Hasni Alem (PCF) a, lui aussi, exprimé ses réserves : "On est face à une décision qui engage l’héritage moral et politique de notre territoire. Si on fait cette rupture, comment va-t-on pouvoir se regarder ?"
À l’inverse, d’autres élus ont appelé au respect de la charte de gouvernance. Marcel Felt a ainsi déclaré : "(...) a charte n’est pas là pour picorer telle ou telle solution quand cela arrange tel ou tel parti. (...)"
Le président nouvellement élu, Ludovic Fagaut, a défendu sa position en rappelant le fonctionnement par secteurs du Grand Besançon : "Je respecte la charte et je ne fais pas d’ingérence sur les secteurs (…) Vous croyez que c’est moi qui vais remettre en question et désavouer les électeurs d’un secteur qui se sont positionnés ?"
À l’issue du scrutin, Franck Bernard a été élu avec 58 voix contre 39 pour Gérard Monnien.
Cette élection marque une première dans l’histoire de l’intercommunalité : pour la première fois depuis la création de la communauté (y compris sous sa forme antérieure de CAGB), un vice-président revendiqué proche de l'extrême droite siège au sein de l’exécutif de Grand Besançon Métropole.


