Le TER a percuté le deux roues, trainant l'engin sur une centaine de mètres. Le conducteur a été légèrement blessé dans sa chute, mais par chance il ne se trouvait pas sur les rails avec son scooter quand le train est arrivé. Il a été transporté au centre hospitalier de Lons-le-Saunier.
Le TER et ses quatorze passagers, indemnes, ont repris leur voyage.