Les élections auront lieu à Champagnole pour Miss Jura le samedi 2 avril 2016, à Corbenay pour Miss Haute-Saône le vendredi 22 avril 2016, à Besançon pour Miss Doubs le dimanche 8 mai 2016 et à Belfort samedi 4 juin 2016 pour Miss Pays de Belfort-Montbéliard. La Miss Franche-Comté sera désignée à l'issue de l'élection du dimanche 23 octobre 2016 qui aura lieu à Dole.
Les jeunes femmes désirant s'inscrire pour représenter la Franche-Comté à l'élection de Miss France peuvent télécharger le formulaire d'inscriptions à l'adresse suivante.