Pour la rentrée scolaire, le ministère a retenu le protocole sanitaire de « niveau 2 » (sur 4) qui autorise tous les élèves à être accueillis en présentiel et leur impose le port du masque en intérieur, sauf en maternelle.
Cette obligation en primaire peut être levée depuis le 4 octobre dans les écoles des départements les moins touchés (taux d’incidence stabilisé au-dessous de 50 cas pour 100.000 habitants).
Un cas de Covid dans une classe en primaire entraîne une fermeture, comme en juin.
En cas de contamination au collège ou au lycée, seuls les élèves cas contacts non vaccinés doivent s’isoler une semaine.
Selon les derniers chiffres de l'académie de Besançon arrêtés en date du 21 octobre 2021, aucune structure scolaire n’est fermée sur les 1.287 établissements (écoles, collèges, lycées) de la région. En revanche, 22 classes sont fermées, c'est seulement une de moins en comparaison avec la semaine dernière. Pour rappel, les élèves de 70 classes bénéficient de l'enseignement à distance mi septembre et 31 début octobre.

Depuis le 2 septembre, 183 établissements ont proposé un parcours vaccinal aux élèves sur 210 collèges, lycées et EREA (établissement régional d’enseignement adapté) aux élèves de 12 ans et plus.
Légère remontée au niveau national
Le nombre de classes fermées à cause de l'épidémie de Covid-19 est remonté légèrement cette semaine pour la première fois depuis la mi-septembre pour s'établir à 1.246, soit 0,24% des classes du pays, a annoncé vendredi le ministère de l'Education nationale.
Il y a une semaine, 1.180 classes étaient fermées, soit 0,22% des classes du pays, des chiffres en baisse depuis plusieurs semaines. Le nombre de classes fermées était monté à près de 3.300 le 16 septembre, avant de baisser progressivement depuis.