Comme chaque année depuis 1903, la Gendarmerie nationale, partenaire du Tour depuis la première édition est en charge de la sécurité du Tour de France.
Au total pour la Franche-Comté, ce sont près de 700 gendarmes départementaux, gendarmes mobiles, élèves-gendarmes et réservistes qui vont permettre aux spectateurs de suivre le Tour en toute sécurité. 250 gendarmes d’autres régions seront aussi présents en renfort des équipes franc-comtoises.
L’escadron motocycliste de la Garde Républicaine quand à lui, a en charge la sécurité de la course, de la caravane publicitaire et des véhicules suiveurs. Le GIGN (Groupe d’intervention de la gendarmerie nationale) renforce la sécurisation du Tour.
Les équipes cynophiles de recherche d’explosifs sur personne en mouvement sont également mises en place pour sécuriser les sites départ et arrivée de chaque étape. En complément, les hélicoptères de la Gendarmerie nationale assurent la mission de sécurité aéronautique et d’appui du dispositif au sol.
Pour l’édition 2020 et compte-tenu du contexte sanitaire, la Gendarmerie nationale déclare être "plus que jamais mobilisée afin de sensibiliser les spectateurs aux bons comportements à adopter et aux respects des gestes barrières au moment du passage de la course."