Longue de 50 km cette deuxième phase de la branche Est doit relier a l'ouest Genlis (21) à Villers-les-Pots (21) sur 15 km (coût estimé à 310 M€) et Petit-Croix (90) à Lutterbach (68) sur 35 km (800 M€) à l'est. "Trans Europe TGV Rhin-Rhône-Méditerranée" estime que ce projet, inscrit par la Commission européenne dans le Réseau transeuropéen de Transport, est prioritaire "L’Europe attend sa mise en œuvre par l’État français dans les meilleurs délais, s’agissant d’un projet mûr à la suite des études d’optimisation afin notamment 'en réduire les coûts…"
Dans sa résolution, l'association demande donc que le projet de 2e phase de la branche Est soit engagé immédiatement "sans attendre la revoyure des priorités d’investissement par l’État français". Le calendrier des études validé avec les partenaires doit être tenu par SNCF Réseau afin de restituer l’ensemble des pistes d’optimisation des coûts du projet dans les meilleurs délais.
Par ailleurs, "Trans Europe TGV Rhin-Rhône-Méditerranée réclame que SNCF Réseau fournisse aux partenaires des garanties sur les acquis du projet – le foncier, les études et les autorisations obtenues, entre autres – au plus tard avant la fin de 2015.
