L'Université de Franche-Comté et l'UTBM (Université de technologie Belfort-Montbéliard) ont un budget en augmentation de 1,5% et l'ENSMM (Ecole nationale supérieure de mécanique et des microtechniques), école d'ingénieurs de Besançon, voit son budget augmenter de 6%.
Quant à la masse salariale globale, elle enregistre une progression de 2,1%, soit plus que l'inflation.