« Ces deux voies de formation ont trop tendance à s’ignorer. Ce cloisonnement limite d’une part les possibilités de bifurcation des jeunes franc-comtois suivant une formation professionnelle, alors même qu’un rapprochement entre la voie scolaire et l’apprentissage permettrait de moduler le parcours de formation en fonction de l’évolution des besoins des jeunes ». Au 1er janvier 2009, il y avait 10 023 apprentis en Franche-Comté.
« L’enjeu est désormais que ces deux mondes se parlent, croisent leur regards, nouent des dialogues, avec la volonté d’aboutir à parler d’une seule économie dans laquelle peuvent cohabiter des projets différents en échappant à tout opposition radicale et stérile ». Le rapporteur Pierre Besançon a toutefois souhaité que « chacun garde sa singularité ».