La fermeture est menée dans le cadre du plan de modernisation du parc pénitentiaire, qui vise à « assurer des conditions dignes de détention, à mettre notre pays en conformité avec les règles pénitentiaires européennes et à garantir la mise en œuvre des prescriptions de la loi pénitentiaire » votée en 2009.
En Franche-Comté, la prison de Belfort sera transformée tandis que les prisons de Montbéliard dans le Doubs, et Lons-le-Saunier dans le jura seront maintenues.