Avec 66,5% des suffrages exprimés au second tour de la primaire de la droite et du centre le 27 novembre 2016, François Fillon a été désigné candidat à la présidence de la République. Dès lors le parti Les Républicains a réorganisé sa direction, lors d’un bureau politique le 29 novembre. La direction du Mouvement est assurée par le bureau politique, le comité politique, deux vice-présidents et le secrétariat général.
On retrouve au sein du comité politique Gérard Larcher, Christian Jacob, Bruno Retailleau, Virginie Calmels, François Baroin, Nathalie Kosciusko-Morizet, Thierry Solere, Jean-Frédéric Poisson et Jean-François Copé.
Quant au secrétariat général, il se compose d’un secrétaire général, Bernard Accoyer, ancien président de l’Assemblée nationale et député de la Haute-Savoie, et de 2 secrétaires généraux adjoints : Gérald Darmanin, ancien député et premier Vice-Président de la région Hauts-de-France, et Annie Genevard, députée du Doubs.