Le gouvernement indique qu’il place en zone d’alerte maximale les métropoles ou secteurs ayant un taux d’incidence (nombre de cas pour 100 000 habitants sur sept jours) supérieur à 250 en population générale et supérieur à 100 chez les personnes âgées (plus de 65 ans), ainsi qu’un taux d’occupation des lits en réanimation de patients Covid-19 supérieur à 30 % dans la région (28,3% en Bourgogne-Franche-Comté).
Mercredi 21 octobre 2020, les autorités sanitaires ont dévoilé une nouvelle carte de données indicatives par différentes nuances de bleus sur le taux d'incidence glissant sur 7 jours à l'échelle des communes.
Le bleu foncé concerne les communes dépassant les 250 cas pour 100 000 habitants en une semaine. Et l'on se rend compte que l'épidémie progresse également hors des métropoles, jusque dans des zones rurales.
Les secteurs les plus touchés en Franche-Comté (taux d'incidence de plus de 250.000 pour 100.000 habitants sur 7 jours glissants)
- La bande frontalière, de Mouthe à Maiche en passant par Morteau, Pontarlier
- Les secteurs de Lavigney et Combeaufontaine et de Rigny en Haute-Saône
- Le plateau d'Amancey et Valdahon, Vercel
- Franois et Serre-les-Sapins et Deluz dans le Grand Besançon (et le quartier Chateaufarine à Besançon)
- Secteurs d'Orgelets et de Saint-Claude et autour de Lons-le-Saunier dans le Jura
Sont encore relativement épargnés (taux d'incidence glissant sur sept jours de moins de 10 à 20 cas pour 100.000 habitants) :
- l'est du Grand Besançon (dans un axe Chalezeule - Roulans à l'exception de Deluz),
- la région d'Ornans,
- les communes autour de Lure,
- les secteurs de Fraisans et Mignovillard dans le Jura,
- le pays de Cerval
- l'est de Belfort.
