Le département n'est pas encore en zone rouge, mais il s'en rapproche avec un taux d'incidence d'un peu plus de 45 cas pour 100.000 habitants selon les derniers chiffres en date du 25 septembre 2020. "De nombreux cas sont constatés dans les rassemblements familiaux ou la sphère sportive" indique la préfecture du Jura qui appelle les habitants à "redoubler de prudence" et à être attentifs aux plus fragiles "en particulier lors des visites dans les établissements médico-sociaux (...) le respect des gestes barrières doit nous permettre de ralentir la pandémie".
L'agence régionale de santé de Bourgogne Franche-Comté et le préfet du Jura rappelle par ailleurs que les personnes prioritaires en terme de tests sont :
- les personnes disposant d'une prescription médicale,
- les personnes qui ont des symptômes compatibles avec la COVID-19, l
- les personnes "contacts à risque" des cas testés positifs,
- les professionnels de santé et assimilés intervenant à domicile.
Pour ces personnes prioritaires, l'objectif est un résultat des tests sous 24 heures.